故事从战兔在公路上骑着摩托车，接到美空和纱羽姐的电话开始。万丈去参拜香澄（女朋友）的墓，一海去参拜三羽鸦的墓，幻德则睡觉。三都的知事的演说开始了，战兔将一对姐弟从Smash那解救了出来。因为伊能贤吾的洗脑，民众们向战兔袭来。火星灭亡后，为了毁灭地球，Blood族在这10年里，一直作为影子暗中活动。Evolto因为没参与其中，导致三人被灭亡。战兔在逃跑的途中，突然出现了两只狗，看到狗实在太可爱了，战兔忍不住为其拍照。结果不巧被民众发现了，又跑了出去。足球场的应援席里，一海与幻德达成一致。但是这时北都知事---才贺涼香出现了，并变成剪刀Smash，与Rogue和Grease打了起来。听到是乡原光臣当初提出把香澄变成Smash的，万丈立刻变成Cross-z Magma，与变身成斑马Smash的光臣打了起来。但是这时，伊能贤吾现身，将万丈洗脑了。战兔为了调查【极计划】，这时伊能贤吾与被洗脑的万丈现身了，万丈变身成Great Cross-z向战兔袭来。战兔也变身为Rabbit Rabbit形态迎战。可是被斑马Smash和剪刀Smash抓住不能动弹，又受到Great Cross-z的【Great Dragon Finish】的重击，导致变身解除了。一海和幻德被才贺涼香抓住了，这时内海出现了说想要挤压腰带就下跪吧。只有幻德下跪了取回了腰带。变身解除的战兔被万丈夺走了危险扳机，交给了伊能贤吾。与剪刀Smash、斑马Smash和万丈三人一样，伊能贤吾使用【伟大穿越龙】、【眼镜蛇迷失满瓶】和【危险扳机】变身成了假面骑士Blood。就在Blood要给肉身的战兔致命一击的时候，Evolto为救战兔而赶来了。

东都、西都、北都的战争结束后，在潘多拉魔塔内建立起了新政府，各都由三位都长管理。然而这三位都长却在就职演讲上扬言要歼灭创骑，一场新的危机降临了，战兔最后的实验开始了！

在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！

「来吧，开始实验吧。」 行星探测船从火星带回的神秘之箱“潘多拉魔盒”。 从箱中释放出来的能量创造出了巨大的墙壁，日本从此被分成了三部分。 10年后，在谜之怪人“猛击者”暗中活动的东都街头，传说存在着为了保护人们而战斗的假面骑士创骑。 他的真身是丧失记忆的天才物理学家·桐生战兔。为了解开潘多拉魔盒之谜，为了取回自己的记忆，他的战斗拉开了序幕……

A little girl named Sayoko witnesses the murder of an Interpol agent by the G.O.D. kaijin Hercules. Keisuke Jin saves her before Hercules disposes of her. Sayoko tells Keisuke that G.O.D. is targeting an important official named Kibara. Kamen Rider X has his hands full when G.O.D abducts Kibara and takes Sayoko and her mother hostage.

Waniida from Black Satan attacks a young boy and long-time Kamen Rider ally Tōbei Tachibana, but Kamen Rider Stronger and Electro Wave Human Tackle run in to make the save. However, Shigeru and Yuriko fall into separate traps and are captured by Black Satan. Yuriko fights for her life as Shigeru is brainwashed by the organization.

为了保护好善良无辜的市民，假面骑士Drive泊进之介（竹内凉真 饰）每天都奔走在与邪恶势力和不法分子对抗的道路上。这一天，某个称呼进之介为“爸爸”的青年突然出现，一经询问后才发现，青年居然是进之介来自2035年的儿子——泊英治（真剑佑 饰），他此行的目的就是为了向父亲发出警告。从儿子的口中得知，2015年8月5日，进之介变身为假面骑士Drive后暴走，以此为开端，一年后人工生命体恶路程式（Roimuld）彻底征服全世界。因此，英治在接下来一连串的事件中不断阻止父亲变身，进之介对此半信半疑，不过英治的预言接连命中，让他不能不信。未过多久，Drive驱动器在全国范围内引发了大规模的恶性事件，因此假面骑士Drive遭到各地通缉。根据英治的信息，所谓的Drive驱动器正是库里姆·斯坦贝特博士（Chris Peppler 饰）为了灭亡全人类所开发出的可怕程序。很快，神秘莫测的假面骑士Dark Drive（冈田和也 饰）尾随英治从未来来到现在，他以压倒性的实力轻松击败了假面骑士Mach（稻叶友 饰）和假面骑士Chaser（上远野太洸 饰）。实力空前强大的敌人，让进之介不得不面对史上最为艰难的挑战。为了守护全人类的未来，他只有全力冲上前去……

和平年代，继承了假面超人月骑衣钵的少年红渡进入森罗高中，开始了磕磕绊绊的校园生活。某天，一名仓皇落魄的越狱犯闯入高中，此人名叫杉村隆，是一个历经22年岁月未见衰老的奇怪之人。一阵混乱过后，杉村隆被觉醒的传说偶兽带走。从白峰天斗的口中得知，杉村不老的秘密极可能和22年前其亲手策划的劫持女子音乐家的事件有关，而这一切导致了最为恐怖的上古魔王传说偶兽复活。 为了粉碎传说偶兽的阴谋，红渡穿越时空回到了1986年，并且见到了自己的父亲红音也。他与父亲试图改变历史，然而一切依旧朝着最糟糕的事态发展……

灯光闪烁的大都市内，一股彩虹色的龙卷风突然降临。幕后黑手金色魔法师抓走了阿历，操真晴人为了救阿历，与金色魔法师展开了对决，他们最终都被卷入了龙卷风之中。 当操真晴人和阿历苏醒后发现，整个世界都变成了魔法国度。人们通过变身腰带和魔法指环随心所欲地使用魔法，魔法是人们生活中不可或缺的东西。虽然城市里也有幻魔出来作乱，但每一个市民都可以利用腰带变身成假面骑士进行反抗，这让操真晴人和阿历大为震惊。 操真晴人和阿历因身份可疑，遭到了大门凛子逮捕。随后，他们两个被送到了城堡，去面见魔法王国的统治者玛雅大王。 看似平静的奇特魔法世界里，其实暗藏着一个惊天大阴谋。操真晴人将如何找到金色魔法师、拯救众人，并带着阿历回到原来的世界呢？

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美穗与龙牙战斗但处于下风，虽然美穗被真司所救，但最后因伤重而死…